教学科研单位
- 卓越工程师学院
- Institute of Creativity and Innovation
- College of Materials
- Institute for Financial and Accounting Studies
- School of Film
- School of Law
- School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
- School of Public Health
- International College
- School of International Relations/Research School for Southeast Asian Studies
- Chinese International Education College/Overseas Education College
- Public Policy Research Institute
- School of Public Affairs
- School of Management
- Academy of GUOXUE
- College of the Environment & Ecology
- College of Ocean and Earth Sciences
- College of Chemistry and Chemical Engineering
- School Of Aerospace Engineering
- National Institute for Data Science in Health and Medicine
- School of Continuing Education
- Institute of Education
- School of Architecture and Civil Engineering
- School of Economics
- School of History and Cultural Heritage
- School of Marxism
- College of Energy
- 人文与艺术高等研究院
- The Institute of Flexible Electronics (IFE, Future Technologies)
- Institute of Artificial Intelligence
- School of Sociology and Anthropology
- Graphene Industry and Engineering Research Institute
- Pen-Tung Sah Institute of Micro-Nano Science and Technology
- School of Life Sciences
- School of Mathematical Sciences
- Carbon Neutral Innovation & Research Center
- Physical Education Department
- Graduate Institute for Taiwan Studies
- College of Physical Science and Technology
- Wang Yanan Institute for Studies in Economics
- College of Foreign Languages and Cultures
- School of Information
- 习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心
- The Xiamen Academy of International Law
- School of Journalism and Communication
- The Belt and Road Research Institute
- School of Pharmaceutical Sciences
- School of Medicine
- College of Arts
- Paula and Gregory Chow Institute for Studies in Economics
直属单位
- Center for Aesthetic and General Education
- 现代教育技术与实践训练中心
- Tendering and Bidding Center
- Xiamen University Press
- 厦门大学汉语国际推广南方基地/孔子学院办公室
- Journal of Xiamen University (Arts & Social Sciences)
- Journal of Xiamen University (Natural Science)
- Center for Teaching and Learning Development
- Laboratory Animal Center
- Information & Network Services
- Library
- Archives
党政机构
- Admissions Office
- 巡视工作领导小组办公室
- 国内合作办公室
- 医科建设与管理办公室
- Xiang'an Campus
- Zhangzhou Campus
- 机关党委
- 教育发展基金会秘书处
- 校友总会秘书处
- 校团委
- 校工会
- 基建处
- 实验室与设备管理处
- 资产与后勤事务管理处
- 财务处
- 保卫部（处）
- 审计处
- 国际合作与交流处/台港澳事务办公室/海外办学事务办公室
- 考试中心
- 招生办公室
- 社会科学研究处
- 科学技术处
- 继续教育管理处
- 教务处
- 研究生院
- 政策研究室/发展规划办公室
- 人才工作办公室/人事处
- 党校
- 离退休工作部（处）
- 学生工作部（处）/人民武装部
- 统战部
- 宣传部/教师工作部
- 组织部/党的建设工作办公室
- 监察处
- 纪律检查委员会、国家监委驻厦门大学监察专员办公室
- 学校办公室
- 厦门大学
学部
群众团体
附属机构及其他
- 附属龙岩中医院
- 附属翔安实验学校
- 翔安创新实验室
- 厦门大学平潭研究院
- 附属实验小学（漳州）
- 附属实验中学（漳州）
- 嘉庚创新实验室
- 附属妇女儿童医院
- 附属心血管病医院
- 附属第二中学
- 其他教学医院
- 南京军区驻厦门大学选培办
- 大学路派出所
- 附属福州第二医院
- 附属成功医院
- 附属东方医院
- 附属东南医院
- 附属厦门眼科中心
- 附属中山医院
- 附属第一医院
- 附属音乐学校
- 附属科技中学
- 附属演武小学
校办产业及后勤
协同创新中心
- 水环境健康与安全协同创新中心
- 半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心
- 福建媒体发展与对外传播协同创新中心
- 高等教育质量建设协同创新中心
- 公共政策与地方治理协同创新中心
- 中国（福建）自贸区协同创新中心
- 海洋生物资源开发利用协同创新中心
- 海西通信产业技术协同创新中心
- 生物制品协同创新中心
- 能源经济与能源政策协同创新中心
- 海洋碳汇与未来地球协同创新中心
- 细胞生物学协同创新中心
- 两岸关系和平发展协同创新中心
- 能源材料化学协同创新中心